1、产权归属不同。如果购买的是大产权房子，国家认可且受到法律的保护，但购买的是小产权房，在发生纠纷时无法得到法律的支持，也无法证明这套房子就归你所有。
2、如果将来发生拆迁，国家对大产权房有相应的补偿规定，但小产权房基本不会得到拆迁补偿费用或安置费用。
3、大产权房屋的质量可以得到有效保障，因为它是正规房地产开发商建造的，而小产权房则不同，可能是由小型建筑公司建造的，而其工程质量也无法达到相应的标准。
4、大产权房子如果想要申请贷款，只要符合银行的各个条件，可以获得较多的资金支持。而小产权房由于无法提供房产证明，因此，银行通常会拒绝贷款。
5、一般来说，大产权房的价格要比小产权房略高，它可以在市面上正常交易，而小产权房价格比较便宜，不能够在市场上进行自由交易。
没有“五证”，无法办理房产证，也就无法享受法律保护，不能拥有完全产权。
只要依照办理审批手续，建造的建筑就是合法的建筑。但是不排除在规定范围以外的违章建筑，如果与国家的规划相冲突，就可能被拆除，而业主也不会得到拆迁补偿。
这类房屋价格便宜，但房屋质量往往没有得到严格的监督，一些开发商为了牟取暴利而节省材料，存在安全隐患。大多数这类房屋由当地村庄开发，除了房屋质量和房屋售后保修很难得到保证以外，住户在此之后还要承担物业管理的问题。
4、小产权房不能抵押或上市流转
购买小产权房时，投资者要留意的是，由于没有正式的产权证明，这类房屋不能用作抵押物或上市出售。
5、小产权房不能申请抵押贷款
小产权房无法在房地产管理部门登记备案，无法办理抵押等相关权利，意味着没有合适的质押物用于抵押银行贷款，由此无法获得批复，因此购买小产权房必须支付一次性付款。