.院可以查封小产权房，但由于小产权房没有房产证，不受国家法律保护，因此查封后无法进行正式的交易或拍卖。虽然可以私下抵账，但仍存在无法得到法律保护的风险。
小产权房与大产权房的区别
1、《房产证的法律保护》
大产权房拥有国家政府颁发的房产证，不但拥有使用权，还拥有所有权，受到国家法律的保护。
小产权房没有真正意义上的产权，只有使用权，不享受法律保护，也没有房产证等文件。
2、拆迁补偿。
购买大产权房的购房者在发生国家征地拆迁时，可以从国家那里获得拆迁补偿，但对于小产权房的购房者来说，由于并未取得房产证，很难拿到补偿。
3、质量问题。
由于小产权房的开发建设没有明确的规定和监管力度的限制，房屋的质量无法得到保障，存在安全隐患。此外，售后保修和物业管理可能会存在问题。
4、不能抵押贷款。
由于没有国家发放的土地使用证和预售许可证，小产权房也不能进行抵押或上市转卖，国土房管局也不会给予其购房合同的备案。
产权区分
小产权房是指没有政府发放产权证的房屋，因此，产权关系受到质疑。主要有3种解释：shou先，对于地的使用权而言，土地使用权仍然归于房屋的原主人；其次，政府发放的开发许可证仍然有效，但往往是永久性使用权；较后，小产权房并不拥有全部永久使用权，具体表达为“限期使用权”。
1、是指发展商的产权而言，发展商的产权被称之为大产权，购房人的产权则被称为小产权，这是因为购房人的产权是由发展商的一种产权进行分割而来的。
2、按照房屋过户时是否需要缴纳土地出让金来加以区分，无需补交土地出让金的被称为大产权房，需要补交土地出让金的则称为小产权房。因此，普通商品房就是大产权房，经济适用房就是小产权房。
3、根据发证机关的不同，可以将产权证分为大产权和小产权。国家会发放大产权证，而乡镇政府会发放小产权证，也称为乡产权，但这并不构成真正法律意义上的产权。
前两个解释的小产权是合法的，只要交付足额的购房款或在转让时补缴土地出让金，便可自由买卖，其法律规定也比较明确。但第三个解释的小产权的法律属性存在较大争议，无法拿到具有法律意义上的产权证。