小产权房可以申请法院执行，但仅限于查封。原所有人违法可以被法院查封，但其他居住者违法无法受到查封的执行。
怎样清理小产权房
中国国土資源部明確表示，對於小產權房不予確權登記，並且不受法律保護。市、縣人民政府依法收回、收購或征收土地使用權，而符合條件的存量小產權房可以補办相關手續以實現產權。
根据《中华人民共和国土地管理法》的规定，农村集体土地使用权不得出让、转让或出租用于非农业建设，而农村宅基地属集体所有，因此小产权房不得登记发证。农民只能享有使用权，不能将其卖给城市居民，也就不能办理土地使用证、房产证、契税证等合法手续。因此，乡产权房只能转让或销售给集体成员内部，而不能向外部第三方转让。
买小产权房的风险
1、从法律层面来看，小产权房并不拥有产权，因为它们没有获得国家颁发的土地使用权和预售许可，因此买家也无法在房管部门获取有效的房屋证书。这是小产权房的一大问题。
2、购买小产权房的购房者并不是房屋合法的所有者，所以他们对于国家的征地和拆迁行动无法提出反对，当拆迁来临，他们很难受到合理的补偿。如果小产权房屋违反国家政策而被强行拆除，购房者就会面临既不能取得房屋，又无法得到房款的局面。
3、由于小产权房没有房产证及经过备案，购买者无法经由银行贷款而必须一次性交付房款，因此承受的压力很大。同时由于无法申请贷款，未来以这些房子为抵押也是不可能的，在买卖过程中也可能存在很多的风险和坑。